On ne peut expliquer la douleur causée par la fibromyalgie par une simple inflammation ou un dommage des muscles. Les personnes atteintes de fibro n’ont pas présenté des signes distinctifs dans les études d'imagerie, de biopsie et de métabolisme des muscles.
Par contre, ces mêmes images ont plutôt montré que le traitement des signaux de douleur par le système nerveux central était important, ce qui entraîne une sensibilisation, l’hypersensiblité sensorielle et certains symptômes comme les problèmes cognitifs, l’altération de l’humeur et la fatigue.
La distinction de plusieurs altérations cérébrales va permettre aux chercheurs d’identifier certaines maladies qui sont basées sur différents mécanismes.
L’un des rôles de la fibromyalgie dans le cerveau permettrait d’expliquer l’efficacité de certains médicaments contre la douleur des dommages causés aux tissus ainsi que par l’inflammation.
Cela explique aussi en quoi l’exercice est bénéfique en cas de fibromyalgie, puisqu’il altère la transmission de certains neurotransmetteurs.
Les signaux de douleur en provenance de tissus endommagés et du système nerveux périphérique peuvent pourtant toujours intensifier la douleur.
En ce qui concerne la majorité de ceux atteints de fibromyalgie, les signaux de douleur du système périphérique liés à des maladies telles que les maladies auto-immunes ou l'arthrose peuvent aussi être source de sensibilisation cérébrale. Les chercheurs confirment en quoi cela explique le fait que les altérations cérébrales s’améliorent avec l’amélioration de la condition douloureuse périphérique.